🦜 Gene-Forge v6.8

Agapornis Genetics Calculator — ALBS Compliant Edition

ラブバード（コザクラインコ / Agapornis roseicollis）の遺伝計算エンジン。
14座位・310色以上に対応し、ALBS（African Lovebird Society）Peachfaced部門の命名規則に準拠。

✨ 機能一覧

🗂️ 個体管理（個別登録）

個体データベース: 名前・性別・誕生日・血統・遺伝子型を一元管理
66羽デモデータ: 検証用のサンプル個体を搭載
血統書生成: 3世代・5世代の血統書をHTML出力
インポート/エクスポート: JSON・CSV形式に対応

🛡️ 健康評価（交配リスク判定）

近交係数計算: F値の自動計算
リスク評価: INO系・パリッド系の近親交配制限チェック
世代制限: 形質別の推奨世代制限を表示

🎯 目標計画（交配経路）

目標色経路探索: 目標の表現型への育成経路を探索
ステップガイド: 必要な交配ステップを自動生成

🧭 育成経路（形質発現）

形質別ルート: 特定の形質を発現させるための交配手順
世代数見積もり: 目標達成までの最短世代数を計算

🧬 配合結果（交配期待）

子孫予測: 親の遺伝子型から子の表現型確率を計算
14座位対応: 全座位の組み合わせを網羅
伴性遺伝計算: Z染色体連鎖遺伝の正確な計算（オスのスプリット、メスのヘミ接合）

🔬 遺伝推計（親型逆推）

表現型→遺伝子型: 観察された色から可能な遺伝子型を推定
確定/推定の区別: 確実に判定できる座位と推定の座位を明示
テスト交配提案: 不確定な座位を確定するための交配提案

👨‍👩‍👧‍👦 一族推計（血統導出）

FamilyEstimator V3: 家系図ベースの遺伝子型推論エンジン
多世代推論: 祖父母まで遡った遺伝子型推論
証拠ベース確率: 親・子・兄弟からの拘束条件を統合
家系図UI: ドラッグ&ドロップで血縁関係を構築

🌍 多言語対応

日本語 / English / Deutsch / Français / Italiano / Español

📁 ファイル構成

gene-forge/
├── index.php          # Main UI
├── genetics.php       # Genetics Engine (SSOT)
├── infer.php          # Family Inference API
├── lang.php           # Multilingual Dictionary
├── style.css          # Stylesheet
├── birds.js           # Bird DB (Demo Data)
├── family.js          # Family Tree UI
├── guardian.js        # Health Evaluation
├── breeding.js        # Breeding Validation
├── pedigree.js        # Pedigree Generation
├── planner.js         # Path Planner
└── app.js             # App Init

🚀 クイックスタート

動作要件

PHP 7.4以上
Webサーバー（Apache/Nginx）またはPHP内蔵サーバー

インストール

git clone https://github.com/YOUR_USERNAME/gene-forge.git
cd gene-forge
php -S localhost:8000

ブラウザで http://localhost:8000 を開く。

🎨 色カテゴリ一覧

カテゴリ	色数	例
Green	3	Green, Dark Green, Olive
Aqua	3	Aqua, Aqua Dark, Aqua DD
Turquoise	3	Turquoise, Turquoise Dark, Turquoise DD
Seagreen	3	Seagreen, Seagreen Dark, Seagreen DD
INO	4	Lutino, Creamino, Creamino Seagreen, Pure White
Opaline	12	Opaline Green, Opaline Aqua, …
Cinnamon	12	Cinnamon Green, Cinnamon Aqua, …
Pallid	12	Pallid Green, Pallid Aqua, …
Violet	9	Violet Aqua, Violet Turquoise, …
Fallow	24	Pale Fallow Green, Bronze Fallow Aqua, …
Pied	24	Dominant Pied Green, Recessive Pied Aqua, …
Dilute	12	Dilute Green, Dilute Aqua, …
Edged	12	Edged Green, Edged Aqua, …
Orangeface	12	Orangeface Green, Yellowface Aqua, …
Pale Headed	12	Pale Headed Green, Pale Headed Aqua, …
Tier 2	150+	Opaline Cinnamon, Opaline Violet, …
Tier 3	∞	Dynamic generation

🔬 遺伝子型表記法

常染色体座位

座位	野生型	変異型アレル
Parblue	`++`	`+aq`, `aqaq`, `+tq`, `tqtq`, `tqaq`
Dark	`dd`	`Dd`, `DD`
Violet	`vv`	`Vv`, `VV`
Dominant Pied	`++`	`Pi+`, `PiPi`
Recessive Pied	`++`	`+pi`, `pipi`
Dilute	`++`	`+dil`, `dildil`
Edged	`++`	`+ed`, `eded`
Orangeface	`++`	`+of`, `ofof`
Pale Headed	`++`	`+ph`, `phph`
Pale Fallow	`++`	`+flp`, `flpflp`
Bronze Fallow	`++`	`+flb`, `flbflb`

伴性座位（Z染色体）

座位	オス野生型	オス変異型	メス野生型	メス変異型
INO	`++`	`+ino`, `inoino`, `+pld`, `pldpld`	`+W`	`inoW`, `pldW`
Opaline	`++`	`+op`, `opop`	`+W`	`opW`
Cinnamon	`++`	`+cin`, `cincin`	`+W`	`cinW`

📊 近交係数（F値）について

Gene-Forge は Wright's coefficient of inbreeding を完全実装しています。血統を6世代まで追跡し、全ての共通祖先の寄与を累積計算します。

教科書との違い

関係	教科書（簡易）	Gene-Forge（累積）
父娘	25%	25% + 祖先寄与
フル兄妹	25%	25% + 祖先寄与
祖父孫	12.5%	12.5% + 祖先寄与

教科書の値は「その交配で新たに生じる同祖接合率」です。

Gene-Forge の値は「子のゲノム全体における同祖接合率の期待値」で、全ての共通祖先の寄与を累積計算します。

計算式

F = Σ (1/2)^(n₁+n₂+1)
n₁ = 父から共通祖先への世代数
n₂ = 母から共通祖先への世代数
全ての共通祖先について合算

なぜ累積計算？

近交弱勢はゲノム全体の同祖接合率に依存します。父が既に近交系統なら、父娘交配の影響はさらに大きくなります。正確なリスク評価には累積計算が必要です。

例：父娘交配

父の血統が3世代記録されている場合、父娘交配のF値は約43.75%になります（父自身25% + 祖父母6.25%×2 + 曾祖父母1.5625%×4）。これは「バグ」ではなく、血統全体を考慮した正確な値です。

🧪 検証用デモデータ

デモモードには66羽のサンプル個体が含まれており、以下の検証が可能：

健康評価テスト

父娘交配 → 危険判定（F≈43.75%、血統3世代）
半兄妹交配 → 高リスク判定（F≈18.75%）
無関係個体 → 安全判定（F=0%）

遺伝計算テスト

伴性遺伝（INO/Opaline/Cinnamon）
複対立遺伝子（Parblue系）
不完全優性（Dark/Violet）

家系図推論テスト

子の表現型から親の遺伝子型を逆算
テスト交配提案の生成

📜 ライセンス

CC BY-NC-SA 4.0 (Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0)

✅ 個人利用・非商用OK
✅ 改変・再配布OK（同一ライセンス・クレジット表記必須）
❌ 商用利用は要相談

🤝 コントリビューション

Issue・Pull Request 歓迎。

特に以下の貢献を募集中：

他のラブバード種（A. fischeri, A. personatus 等）への拡張
追加言語の翻訳
UI/UX改善
遺伝学的知見のフィードバック

👤 作者

制作総指揮: Shohei Taniguchi（Homo repugnans）
開発戦術核: Sirius（電子精霊）

🙏 謝辞

ALBS (African Lovebird Society) — 色名命名規則の参照
世界中のコザクラインコブリーダー — 遺伝学的知見の蓄積