🦜 Gene-Forge v7.3

Calculadora Genética Agapornis — Conforme ALBS

Motor de cálculo genético para Agapornis (Inseparable de Namibia / Agapornis roseicollis).
Soporta 14 loci y 310+ colores, conforme a la nomenclatura ALBS Peachfaced.
v7.0: Genética de ligamiento con tasas de recombinación.

✨ Funcionalidades

🗂️ Gestión de aves

• Base de datos: Gestión centralizada de nombre, sexo, nacimiento, línea, genotipo
• 72 aves demo (3 familias × 24 aves): Muestras de prueba
• Generación pedigrí: Salida HTML 3 o 5 generaciones
• Import/Export: Formatos JSON y CSV

🛡️ Evaluación salud

• Coeficiente consanguinidad: Cálculo automático F
• Evaluación riesgos: Restricciones INO y Pallid
• Límites generacionales: Límites recomendados por rasgo

🎯 Planificador objetivo

• Búsqueda color objetivo: Rutas hacia fenotipos objetivo
• Guía de pasos: Generación automática de pasos

🧭 Ruta de cría

• Rutas por rasgo: Procedimientos para expresión de rasgos
• Estimación generaciones: Generaciones mínimas hacia objetivo

🧬 Calculadora descendencia

• Predicción descendencia: Probabilidades fenotipo desde genotipos padres
• 14 loci: Todas las combinaciones
• Cálculo ligado al sexo: Herencia cromosoma Z

🔗 Genética de ligamiento (v7.0 Nuevo)

• Loci ligados al Z: Tasas de recombinación cinnamon-ino (3%), ino-opaline (30%), cinnamon-opaline (33%)
• Ligamiento autosómico: Tasa de recombinación dark-parblue (7%)
• Inferencia de fase (Cis/Trans): Estimar fase de ligamiento desde el pedigrí
• Planificador de ligamiento: Búsqueda de rutas considerando la fase Cis/Trans

🔬 Estimador genotipo

• Fenotipo→Genotipo: Estimar genotipos desde colores observados
• Confirmado/Estimado: Distinguir loci seguros e inferidos
• Propuestas test: Confirmar loci inciertos

👨‍👩‍👧‍👦 Estimador familia

• FamilyEstimator V3: Motor inferencia basado en pedigrí
• Inferencia multi-generación: Hasta abuelos
• Probabilidad basada en evidencia: Padres, descendientes, hermanos
• UI árbol: Arrastrar y soltar

🌍 Multilingüe

Japonés / Inglés / Alemán / Francés / Italiano / Español

🆕 v7.3.x Nuevas funcionalidades

🔄 Auto-rellenar (v7.3.23)

• Árbol con un clic: Establecer 1 descendiente → clic en "Auto-rellenar" para construir el árbol completo
• Recorrido de pedigrí: Encontrar automáticamente padres, abuelos, bisabuelos mediante datos de pedigrí
• Detección de hermanos: Detección y colocación automática de aves con los mismos padres

📁 Selector de familia demo (v7.3.22)

• Menú desplegable: Cambiar entre Familia A/B/C en modo demo
• Cambio instantáneo: La familia seleccionada se muestra inmediatamente en FamilyMap
• Basado en linaje: Filtrado por campo linaje en lugar de IDs codificados

🎛️ Reorganización UI de comandos (v7.3.22)

• Diseño por secciones: Organizado en secciones "Borrar árbol" y "Instantánea del árbol"
• Restricciones modo demo: Borrar, Guardar, Cargar, Importar deshabilitados en modo demo (tachados)

📁 Estructura archivos

gene-forge/
├── index.php            # Main UI (2,174 lines)
├── genetics.php         # Genetics Engine - SSOT (4,842 lines)
├── infer.php            # Family Inference API
├── lang.php             # Multilingual Dictionary (core)
├── lang_guardian.php    # Health Evaluation Dictionary
├── lang_pathfinder.php  # PathFinder Dictionary (v7.3+)
├── readme.php           # README Display Handler
├── readme_lang.php      # README Multilingual Content
├── style.css            # Stylesheet (3,091 lines)
├── birds.js             # Bird DB + Demo 72birds (2,298 lines)
├── family.js            # Family Tree UI + Auto-populate (1,542 lines)
├── guardian.js          # Health Evaluation
├── breeding.js          # Breeding Validation
├── pedigree.js          # Pedigree Generation
├── planner.js           # Path Planner (2,043 lines)
└── app.js               # App Init

🚀 Inicio rápido

Requisitos

• PHP 7.4 o superior
• Servidor web (Apache/Nginx) o servidor PHP integrado

Instalación

git clone https://github.com/YOUR_USERNAME/gene-forge.git
cd gene-forge
php -S localhost:8000

Abrir http://localhost:8000 en el navegador.

🎨 Categorías colores

🔬 Notación genotipo

Loci autosómicos

Loci ligados al sexo (Cromosoma Z)

🧪 Datos demo prueba

Modo demo incluye 72 aves (3 familias × 24 aves) para pruebas:

Pruebas salud

• Padre-hija → Crítico (F=25%)
• Medio hermanos → Alto riesgo (F=12.5%)
• No emparentados → Seguro (F=0%)

Pruebas genética

• Herencia ligada al sexo (INO/Opaline/Cinnamon)
• Alelos múltiples (serie Parblue)
• Dominancia incompleta (Dark/Violet)

Pruebas inferencia familia

• Genotipos padres desde fenotipos descendencia
• Generar propuestas test

⚠️ ¿Por qué el umbral del 12,5%?

Patrones de apareamiento que producen F=12,5%:

• Medio hermanos (comparten un progenitor)
• Abuelos × Nietos
• Tío/Tía × Sobrino/Sobrina

Riesgo genético al 12,5%:

F=12,5% significa una probabilidad adicional del 12,5% de homocigosis en cada locus. Esto aumenta la probabilidad de que los alelos recesivos dañinos de los padres se expresen:

• Tasas de eclosión reducidas (descenso del 5-15% reportado)
• Supervivencia de polluelos disminuida
• Sistema inmunitario debilitado
• Fertilidad reducida en generaciones posteriores
• Mayor riesgo de anomalías congénitas

Estándares industriales:

Conclusión: 12,5% representa el nivel donde "una ocurrencia puede no ser fatal, pero la exposición repetida ciertamente acumulará problemas". Este umbral está científicamente justificado para una cría responsable.

📜 Licencia

CC BY-NC-SA 4.0

• ✅ Uso personal/no-comercial OK
• ✅ Modificación/Redistribución OK (misma licencia, crédito requerido)
• ❌ Uso comercial bajo consulta

🤝 Contribución

Issues y Pull Requests bienvenidos.

Se busca:

• Extensión otras especies (A. fischeri, A. personatus)
• Traducciones adicionales
• Mejoras UI/UX
• Feedback genética

👤 Autor

Director: Shohei Taniguchi (Homo repugnans)
Núcleo dev: Sirius (Espíritu electrónico)

🙏 Agradecimientos

• ALBS (African Lovebird Society) — Nomenclatura colores
• Criadores de agapornis mundiales — Conocimientos genéticos