🦜 Gene-Forge v7.3

Calcolatore Genetico Agapornis — Conforme ALBS

Motore di calcolo genetico per Inseparabili (Inseparabile dal collo rosa / Agapornis roseicollis).
Supporta 14 loci e 310+ colori, conforme alla nomenclatura ALBS Peachfaced.
v7.0: Genetica di linkage con tassi di ricombinazione.

✨ Funzionalità

🗂️ Gestione uccelli

• Database: Gestione centralizzata nome, sesso, nascita, linea, genotipo
• 72 uccelli demo (3 famiglie × 24 uccelli): Campioni di test
• Generazione pedigree: Output HTML 3 o 5 generazioni
• Import/Export: Formati JSON e CSV

🛡️ Valutazione salute

• Coefficiente consanguineità: Calcolo automatico F
• Valutazione rischi: Restrizioni INO e Pallid
• Limiti generazionali: Limiti raccomandati per tratto

🎯 Pianificatore obiettivo

• Ricerca colore target: Percorsi verso fenotipi target
• Guida passi: Generazione automatica passi

🧭 Percorso allevamento

• Route per tratto: Procedure per espressione tratti
• Stima generazioni: Generazioni minime verso obiettivo

🧬 Calcolatore prole

• Previsione prole: Probabilità fenotipi da genotipi genitori
• 14 loci: Tutte le combinazioni
• Calcolo legato al sesso: Ereditarietà cromosoma Z

🔗 Genetica di linkage (v7.0 Nuovo)

• Loci Z-linked: Tassi di ricombinazione cinnamon-ino (3%), ino-opaline (30%), cinnamon-opaline (33%)
• Linkage autosomale: Tasso di ricombinazione dark-parblue (7%)
• Inferenza fase (Cis/Trans): Stimare la fase di linkage dal pedigree
• Pianificatore linkage: Ricerca percorsi considerando la fase Cis/Trans

🔬 Stimatore genotipo

• Fenotipo→Genotipo: Stimare genotipi da colori osservati
• Confermato/Stimato: Distinguere loci certi e inferiti
• Proposte test: Confermare loci incerti

👨‍👩‍👧‍👦 Stimatore famiglia

• FamilyEstimator V3: Motore inferenza basato pedigree
• Inferenza multi-generazione: Fino ai nonni
• Probabilità basata prove: Genitori, discendenti, fratelli
• UI albero: Drag & drop

🌍 Multilingue

Giapponese / Inglese / Tedesco / Francese / Italiano / Spagnolo

🆕 v7.3.x Nuove funzionalità

🔄 Auto-compilazione (v7.3.23)

• Albero con un clic: Imposta 1 discendente → clicca "Auto-compilazione" per costruire l'intero albero
• Attraversamento pedigree: Trova automaticamente genitori, nonni, bisnonni tramite dati pedigree
• Rilevamento fratelli: Rilevamento e posizionamento automatico di uccelli con gli stessi genitori

📁 Selettore famiglia demo (v7.3.22)

• Menu a tendina: Passa tra Famiglia A/B/C in modalità demo
• Cambio istantaneo: La famiglia selezionata viene visualizzata immediatamente in FamilyMap
• Basato su lineage: Filtraggio per campo lineage invece di ID codificati

🎛️ Riorganizzazione UI comandi (v7.3.22)

• Layout a sezioni: Organizzato in sezioni "Cancella albero" e "Snapshot albero"
• Restrizioni modalità demo: Cancella, Salva, Carica, Importa disabilitati in modalità demo (barrati)

📁 Struttura file

gene-forge/
├── index.php            # Main UI (2,174 lines)
├── genetics.php         # Genetics Engine - SSOT (4,842 lines)
├── infer.php            # Family Inference API
├── lang.php             # Multilingual Dictionary (core)
├── lang_guardian.php    # Health Evaluation Dictionary
├── lang_pathfinder.php  # PathFinder Dictionary (v7.3+)
├── readme.php           # README Display Handler
├── readme_lang.php      # README Multilingual Content
├── style.css            # Stylesheet (3,091 lines)
├── birds.js             # Bird DB + Demo 72birds (2,298 lines)
├── family.js            # Family Tree UI + Auto-populate (1,542 lines)
├── guardian.js          # Health Evaluation
├── breeding.js          # Breeding Validation
├── pedigree.js          # Pedigree Generation
├── planner.js           # Path Planner (2,043 lines)
└── app.js               # App Init

🚀 Avvio rapido

Requisiti

• PHP 7.4 o superiore
• Server web (Apache/Nginx) o server PHP integrato

Installazione

git clone https://github.com/YOUR_USERNAME/gene-forge.git
cd gene-forge
php -S localhost:8000

Aprire http://localhost:8000 nel browser.

🎨 Categorie colori

🔬 Notazione genotipo

Loci autosomali

Loci legati al sesso (Cromosoma Z)

🧪 Dati demo test

Modalità demo include 72 uccelli (3 famiglie × 24 uccelli) per test:

Test salute

• Padre-figlia → Critico (F=25%)
• Mezzi fratelli → Alto rischio (F=12.5%)
• Non imparentati → Sicuro (F=0%)

Test genetica

• Ereditarietà legata al sesso (INO/Opaline/Cinnamon)
• Alleli multipli (serie Parblue)
• Dominanza incompleta (Dark/Violet)

Test inferenza famiglia

• Genotipi genitori da fenotipi prole
• Generare proposte test

⚠️ Perché la soglia del 12,5%?

Schemi di accoppiamento che producono F=12,5%:

• Mezzi fratelli (un genitore in comune)
• Nonni × Nipoti
• Zio/Zia × Nipote

Rischio genetico al 12,5%:

F=12,5% significa una probabilità aggiuntiva del 12,5% di omozigosi a ogni locus. Ciò aumenta la probabilità che gli alleli recessivi nocivi dei genitori vengano espressi:

• Tassi di schiusa ridotti (calo del 5-15% riportato)
• Sopravvivenza dei pulcini ridotta
• Sistema immunitario indebolito
• Fertilità ridotta nelle generazioni successive
• Rischio aumentato di anomalie congenite

Standard industriali:

Conclusione: 12,5% rappresenta il livello in cui "un'occorrenza potrebbe non essere fatale, ma l'esposizione ripetuta accumulerà sicuramente problemi". Questa soglia è scientificamente giustificata per un allevamento responsabile.

📜 Licenza

CC BY-NC-SA 4.0

• ✅ Uso personale/non-commerciale OK
• ✅ Modifica/Ridistribuzione OK (stessa licenza, credito richiesto)
• ❌ Uso commerciale su richiesta

🤝 Contribuzione

Issues e Pull Requests benvenuti.

Cercasi:

• Estensione altre specie (A. fischeri, A. personatus)
• Traduzioni aggiuntive
• Miglioramenti UI/UX
• Feedback genetica

👤 Autore

Direttore: Shohei Taniguchi (Homo repugnans)
Nucleo dev: Sirius (Spirito elettronico)

🙏 Ringraziamenti

• ALBS (African Lovebird Society) — Nomenclatura colori
• Allevatori inseparabili mondiali — Conoscenze genetiche