🦜 Gene-Forge v7.3
Calculateur Génétique Agapornis — Conforme ALBS
Moteur de calcul génétique pour Inséparables (Inséparable rosegorge / Agapornis roseicollis).
Supporte 14 loci et 310+ couleurs, conforme à la nomenclature ALBS Peachfaced.
v7.0: Génétique de liaison avec taux de recombinaison.
✨ Fonctionnalités
🗂️ Gestion des oiseaux
- Base de données: Gestion centralisée nom, sexe, naissance, lignée, génotype
- 72 oiseaux démo (3 familles × 24 oiseaux): Échantillons de test
- Génération pédigrée: Sortie HTML 3 ou 5 générations
- Import/Export: Formats JSON et CSV
🛡️ Évaluation santé
- Coefficient consanguinité: Calcul automatique F
- Évaluation risques: Restrictions INO et Pallid
- Limites générationnelles: Limites recommandées par trait
🎯 Planificateur objectif
- Recherche couleur cible: Chemins vers phénotypes cibles
- Guide étapes: Génération automatique des étapes
🧭 Chemin élevage
- Routes par trait: Procédures pour expression des traits
- Estimation générations: Générations minimum vers objectif
🧬 Calculateur descendance
- Prédiction descendance: Probabilités phénotypes depuis génotypes parents
- 14 loci: Toutes combinaisons
- Calcul lié au sexe: Hérédité chromosome Z
🔗 Génétique de liaison (v7.0 Nouveau)
- Loci liés au Z: Taux de recombinaison cinnamon-ino (3%), ino-opaline (30%), cinnamon-opaline (33%)
- Liaison autosomale: Taux de recombinaison dark-parblue (7%)
- Inférence de phase (Cis/Trans): Estimer la phase de liaison depuis le pédigrée
- Planificateur liaison: Recherche de chemins considérant la phase Cis/Trans
🔬 Estimateur génotype
- Phénotype→Génotype: Estimer génotypes depuis couleurs observées
- Confirmé/Estimé: Distinguer loci certains et inférés
- Propositions test: Confirmer loci incertains
👨👩👧👦 Estimateur famille
- FamilyEstimator V3: Moteur inférence basé pédigrée
- Inférence multi-génération: Jusqu'aux grands-parents
- Probabilité basée preuves: Parents, descendants, fratrie
- UI arbre: Glisser-déposer
🌍 Multilingue
Japonais / Anglais / Allemand / Français / Italien / Espagnol
🆕 v7.3.x Nouvelles fonctionnalités
🔄 Remplissage auto (v7.3.23)
- Arbre en un clic: Définir 1 descendant → cliquer « Remplissage auto » pour construire l'arbre complet
- Parcours du pédigrée: Trouver automatiquement parents, grands-parents, arrière-grands-parents
- Détection des frères/sœurs: Détection et placement automatique des oiseaux partageant les mêmes parents
📁 Sélecteur de famille démo (v7.3.22)
- Menu déroulant: Basculer entre Famille A/B/C en mode démo
- Basculement instantané: La famille sélectionnée s'affiche immédiatement dans FamilyMap
- Basé sur la lignée: Filtrage par champ lignée au lieu d'IDs codés en dur
🎛️ Réorganisation UI des commandes (v7.3.22)
- Mise en page par sections: Organisé en sections « Effacer l'arbre » et « Instantané de l'arbre »
- Restrictions mode démo: Effacer, Sauvegarder, Charger, Importer désactivés en mode démo (barrés)
📁 Structure fichiers
gene-forge/
├── index.php # Main UI (2,174 lines)
├── genetics.php # Genetics Engine - SSOT (4,842 lines)
├── infer.php # Family Inference API
├── lang.php # Multilingual Dictionary (core)
├── lang_guardian.php # Health Evaluation Dictionary
├── lang_pathfinder.php # PathFinder Dictionary (v7.3+)
├── readme.php # README Display Handler
├── readme_lang.php # README Multilingual Content
├── style.css # Stylesheet (3,091 lines)
├── birds.js # Bird DB + Demo 72birds (2,298 lines)
├── family.js # Family Tree UI + Auto-populate (1,542 lines)
├── guardian.js # Health Evaluation
├── breeding.js # Breeding Validation
├── pedigree.js # Pedigree Generation
├── planner.js # Path Planner (2,043 lines)
└── app.js # App Init
🚀 Démarrage rapide
Prérequis
- PHP 7.4 ou supérieur
- Serveur web (Apache/Nginx) ou serveur PHP intégré
Installation
git clone https://github.com/YOUR_USERNAME/gene-forge.git
cd gene-forge
php -S localhost:8000
Ouvrir http://localhost:8000 dans le navigateur.
🎨 Catégories couleurs
| Catégorie | Couleurs | Exemples |
|---|
| Green | 3 | Green, Dark Green, Olive |
| Aqua | 3 | Aqua, Aqua Dark, Aqua DD |
| Turquoise | 3 | Turquoise, Turquoise Dark, Turquoise DD |
| Seagreen | 3 | Seagreen, Seagreen Dark, Seagreen DD |
| INO | 4 | Lutino, Creamino, Creamino Seagreen, Pure White |
| Opaline | 12 | Opaline Green, Opaline Aqua, … |
| Cinnamon | 12 | Cinnamon Green, Cinnamon Aqua, … |
| Pallid | 12 | Pallid Green, Pallid Aqua, … |
| Violet | 9 | Violet Aqua, Violet Turquoise, … |
| Fallow | 24 | Pale Fallow Green, Bronze Fallow Aqua, … |
| Pied | 24 | Dominant Pied Green, Recessive Pied Aqua, … |
| Dilute | 12 | Dilute Green, Dilute Aqua, … |
| Edged | 12 | Edged Green, Edged Aqua, … |
| Orangeface | 12 | Orangeface Green, Yellowface Aqua, … |
| Pale Headed | 12 | Pale Headed Green, Pale Headed Aqua, … |
| Tier 2 | 150+ | Opaline Cinnamon, Opaline Violet, … |
| Tier 3 | ∞ | Dynamic generation |
🔬 Notation génotype
Loci autosomaux
| Locus | Type sauvage | Allèles mutants |
|---|
| Parblue | ++ | +aq, aqaq, +tq, tqtq, tqaq |
| Dark | dd | Dd, DD |
| Violet | vv | Vv, VV |
| Dominant Pied | ++ | Pi+, PiPi |
| Recessive Pied | ++ | +pi, pipi |
| Dilute | ++ | +dil, dildil |
| Edged | ++ | +ed, eded |
| Orangeface | ++ | +of, ofof |
| Pale Headed | ++ | +ph, phph |
| Pale Fallow | ++ | +flp, flpflp |
| Bronze Fallow | ++ | +flb, flbflb |
Loci liés au sexe (Chromosome Z)
| Locus | Mâle sauvage | Mâle mutant | Femelle sauvage | Femelle mutant |
|---|
| INO | ++ | +ino, inoino, +pld, pldpld | +W | inoW, pldW |
| Opaline | ++ | +op, opop | +W | opW |
| Cinnamon | ++ | +cin, cincin | +W | cinW |
🧪 Données démo test
Mode démo inclut 72 oiseaux (3 familles × 24 oiseaux) pour tests:
Tests santé
- Père-fille → Critique (F=25%)
- Demi-fratrie → Risque élevé (F=12.5%)
- Non apparentés → Sûr (F=0%)
Tests génétique
- Hérédité liée au sexe (INO/Opaline/Cinnamon)
- Allèles multiples (série Parblue)
- Dominance incomplète (Dark/Violet)
Tests inférence famille
- Génotypes parents depuis phénotypes descendants
- Générer propositions test
⚠️ Pourquoi le seuil de 12,5% ?
Schémas d'accouplement produisant F=12,5% :
- Demi-frères/sœurs (un parent en commun)
- Grands-parents × Petits-enfants
- Oncle/Tante × Neveu/Nièce
Risque génétique à 12,5% :
F=12,5% signifie une probabilité supplémentaire de 12,5% d'homozygotie à chaque locus. Cela augmente les chances que les allèles récessifs nocifs des parents soient exprimés :
- Taux d'éclosion réduits (baisse de 5-15% rapportée)
- Survie des poussins diminuée
- Système immunitaire affaibli
- Fertilité réduite dans les générations suivantes
- Risque accru d'anomalies congénitales
Normes industrielles :
| Industrie | Seuil |
|---|
| Chevaux pur-sang | <12,5% (strict) |
| Élevage | ≤6,25% objectif |
| Conservation de la faune | ≤6% recommandé |
| Programmes d'élevage zoo | ≤3% idéal |
Conclusion : 12,5% représente le niveau où « une occurrence peut ne pas être fatale, mais une exposition répétée accumulera certainement des problèmes ». Ce seuil est scientifiquement justifié pour un élevage responsable.
📜 Licence
CC BY-NC-SA 4.0
- ✅ Usage personnel/non-commercial OK
- ✅ Modification/Redistribution OK (même licence, crédit requis)
- ❌ Usage commercial sur demande
🤝 Contribution
Issues et Pull Requests bienvenus.
Recherchés:
- Extension autres espèces (A. fischeri, A. personatus)
- Traductions supplémentaires
- Améliorations UI/UX
- Retours génétique
👤 Auteur
Directeur: Shohei Taniguchi (Homo repugnans)
Noyau dev: Sirius (Esprit électronique)
🙏 Remerciements
- ALBS (African Lovebird Society) — Nomenclature couleurs
- Éleveurs d'inséparables mondiaux — Connaissances génétiques