🦜 Gene-Forge v7.3

Kalkulator Genetika Agapornis — Edisi Sesuai ALBS

Mesin perhitungan genetika untuk Lovebird (Lovebird Muka Merah / Agapornis roseicollis).
Mendukung 14 lokus dan 310+ warna, sesuai dengan nomenklatur ALBS (African Lovebird Society) bagian Peachfaced.
v7.3: Genetika linkage, auto-populate berbasis pedigree, pemilih keluarga demo.

✨ Fitur

🗂️ Manajemen Burung

Database Burung: Manajemen terpusat nama, jenis kelamin, tanggal lahir, garis keturunan, dan genotipe
72 Burung Demo (3 keluarga × 24 burung): Burung sampel untuk pengujian
Pembuatan Silsilah: Output HTML untuk silsilah 3 atau 5 generasi
Import/Export: Dukungan format JSON dan CSV

🛡️ Evaluasi Kesehatan

Koefisien Inbreeding: Perhitungan nilai F otomatis
Penilaian Risiko: Pemeriksaan pembatasan inbreeding INO dan Pallid
Batas Generasi: Batas yang direkomendasikan berdasarkan sifat

🎯 Perencana Target

Pencarian Jalur Warna Target: Menemukan jalur peternakan ke fenotipe target
Panduan Langkah: Menghasilkan langkah-langkah peternakan yang diperlukan secara otomatis

🧭 Jalur Peternakan

Rute Sifat: Prosedur peternakan untuk ekspresi sifat tertentu
Estimasi Generasi: Menghitung generasi minimum ke tujuan

🧬 Kalkulator Keturunan

Prediksi Keturunan: Menghitung probabilitas fenotipe dari genotipe induk
Dukungan 14 Lokus: Mencakup semua kombinasi lokus
Perhitungan Terkait Jenis Kelamin: Pewarisan kromosom Z yang akurat (split jantan, betina hemizigot)

🔗 Genetika Linkage (Baru v7.0)

Lokus Z-Linked: Tingkat rekombinasi cinnamon-ino (3%), ino-opaline (30%), cinnamon-opaline (33%)
Linkage Autosomal: Tingkat rekombinasi dark-parblue (7%)
Inferensi Fase (Cis/Trans): Memperkirakan fase linkage dari informasi silsilah
Perencana Sadar Linkage: Eksplorasi jalur peternakan mempertimbangkan fase Cis/Trans

🔬 Estimator Genotipe

Fenotipe→Genotipe: Memperkirakan genotipe yang mungkin dari warna yang diamati
Terkonfirmasi/Diperkirakan: Membedakan lokus yang pasti dari yang disimpulkan
Proposal Peternakan Uji: Saran untuk mengkonfirmasi lokus yang tidak pasti

👨‍👩‍👧‍👦 Estimator Keluarga

FamilyEstimator V3: Mesin inferensi genotipe berbasis silsilah
Inferensi Multi-Generasi: Menelusuri kembali ke kakek-nenek
Probabilitas Berbasis Bukti: Mengintegrasikan kendala dari orang tua, keturunan, saudara
UI Pohon Keluarga: Membangun hubungan dengan drag & drop

🌍 Dukungan Multibahasa

Jepang / Inggris / Jerman / Prancis / Italia / Spanyol / Indonesia

🆕 Fitur Baru v7.3.x

🔄 Auto Populate (v7.3.23)

Pohon Keluarga Satu Klik: Atur 1 keturunan → klik "Auto Populate" untuk membangun seluruh pohon keluarga
Penelusuran Silsilah: Secara otomatis menemukan orang tua, kakek-nenek, buyut melalui data silsilah
Deteksi Saudara: Secara otomatis mendeteksi dan menempatkan burung yang berbagi orang tua yang sama

📁 Pemilih Keluarga Demo (v7.3.22)

Pilihan Dropdown: Beralih antara Keluarga A/B/C dalam mode demo
Pergantian Instan: Keluarga yang dipilih langsung tercermin di FamilyMap
Berbasis Garis Keturunan: Filter berdasarkan bidang garis keturunan bukan ID yang dikodekan

🎛️ Reorganisasi UI Perintah (v7.3.22)

Tata Letak Bagian: Diorganisir menjadi bagian "Hapus Peta Keluarga" dan "Snapshot Peta Keluarga"
Pembatasan Mode Demo: Hapus, Simpan, Muat, Impor dinonaktifkan dalam mode demo (ditampilkan dengan coretan)

📁 Struktur File

gene-forge/
├── index.php            # Main UI (2,174 lines)
├── genetics.php         # Genetics Engine - SSOT (4,842 lines)
├── infer.php            # Family Inference API
├── lang.php             # Multilingual Dictionary (core)
├── lang_guardian.php    # Health Evaluation Dictionary
├── lang_pathfinder.php  # PathFinder Dictionary (v7.3+)
├── readme.php           # README Display Handler
├── readme_lang.php      # README Multilingual Content
├── style.css            # Stylesheet (3,091 lines)
├── birds.js             # Bird DB + Demo 72birds (2,298 lines)
├── family.js            # Family Tree UI + Auto-populate (1,542 lines)
├── guardian.js          # Health Evaluation
├── breeding.js          # Breeding Validation
├── pedigree.js          # Pedigree Generation
├── planner.js           # Path Planner (2,043 lines)
└── app.js               # App Init

🚀 Mulai Cepat

Persyaratan

PHP 7.4 atau lebih tinggi
Server web (Apache/Nginx) atau server bawaan PHP

Instalasi

git clone https://github.com/YOUR_USERNAME/gene-forge.git
cd gene-forge
php -S localhost:8000

Buka http://localhost:8000 di browser Anda.

🎨 Kategori Warna

Kategori	Warna	Contoh
Green	3	Green, Dark Green, Olive
Aqua	3	Aqua, Aqua Dark, Aqua DD
Turquoise	3	Turquoise, Turquoise Dark, Turquoise DD
Seagreen	3	Seagreen, Seagreen Dark, Seagreen DD
INO	4	Lutino, Creamino, Creamino Seagreen, Pure White
Opaline	12	Opaline Green, Opaline Aqua, …
Cinnamon	12	Cinnamon Green, Cinnamon Aqua, …
Pallid	12	Pallid Green, Pallid Aqua, …
Violet	9	Violet Aqua, Violet Turquoise, …
Fallow	24	Pale Fallow Green, Bronze Fallow Aqua, …
Pied	24	Dominant Pied Green, Recessive Pied Aqua, …
Dilute	12	Dilute Green, Dilute Aqua, …
Edged	12	Edged Green, Edged Aqua, …
Orangeface	12	Orangeface Green, Yellowface Aqua, …
Pale Headed	12	Pale Headed Green, Pale Headed Aqua, …
Tier 2	150+	Opaline Cinnamon, Opaline Violet, …
Tier 3	∞	Dynamic generation

🔬 Notasi Genotipe

Lokus Autosomal

Lokus	Tipe Liar	Alel Mutan
Parblue	`++`	`+aq`, `aqaq`, `+tq`, `tqtq`, `tqaq`
Dark	`dd`	`Dd`, `DD`
Violet	`vv`	`Vv`, `VV`
Dominant Pied	`++`	`Pi+`, `PiPi`
Recessive Pied	`++`	`+pi`, `pipi`
Dilute	`++`	`+dil`, `dildil`
Edged	`++`	`+ed`, `eded`
Orangeface	`++`	`+of`, `ofof`
Pale Headed	`++`	`+ph`, `phph`
Pale Fallow	`++`	`+flp`, `flpflp`
Bronze Fallow	`++`	`+flb`, `flbflb`

Lokus Terkait Jenis Kelamin (Kromosom Z)

Lokus	Jantan Liar	Jantan Mutan	Betina Liar	Betina Mutan
INO	`++`	`+ino`, `inoino`, `+pld`, `pldpld`	`+W`	`inoW`, `pldW`
Opaline	`++`	`+op`, `opop`	`+W`	`opW`
Cinnamon	`++`	`+cin`, `cincin`	`+W`	`cinW`

🧪 Data Demo untuk Pengujian

Mode demo mencakup 72 burung sampel (3 keluarga × 24 burung) untuk pengujian berikut:

Pengujian Evaluasi Kesehatan

Pasangan ayah-anak → Kritis (F=25%)
Pasangan saudara tiri → Risiko tinggi (F=12,5%)
Burung tidak terkait → Aman (F=0%)

Pengujian Perhitungan Genetika

Pewarisan terkait jenis kelamin (INO/Opaline/Cinnamon)
Alel ganda (seri Parblue)
Dominansi tidak lengkap (Dark/Violet)

Pengujian Inferensi Keluarga

Menghitung balik genotipe orang tua dari fenotipe keturunan
Menghasilkan proposal peternakan uji

⚠️ Mengapa Ambang 12,5%?

Pola perkawinan yang menghasilkan F=12,5%:

Saudara tiri (berbagi satu orang tua)
Kakek-nenek × Cucu
Paman/Bibi × Keponakan

Risiko genetik pada 12,5%:

F=12,5% berarti probabilitas tambahan 12,5% homozigositas di setiap lokus. Ini meningkatkan kemungkinan alel resesif berbahaya dari orang tua akan diekspresikan:

Tingkat penetasan berkurang (penurunan 5-15% dilaporkan)
Kelangsungan hidup anak ayam menurun
Sistem kekebalan melemah
Kesuburan berkurang di generasi berikutnya
Peningkatan risiko kelainan bawaan

Standar industri:

Industri	Ambang
Kuda pacu murni	<12,5% (ketat)
Peternakan	≤6,25% target
Konservasi satwa liar	≤6% direkomendasikan
Program peternakan kebun binatang	≤3% ideal

Kesimpulan: 12,5% mewakili level di mana "satu kejadian mungkin tidak fatal, tetapi paparan berulang pasti akan mengakumulasi masalah." Ambang ini dibenarkan secara ilmiah untuk peternakan yang bertanggung jawab.

📜 Lisensi

CC BY-NC-SA 4.0 (Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0)

✅ Penggunaan pribadi/non-komersial OK
✅ Modifikasi/Redistribusi OK (lisensi sama, kredit diperlukan)
❌ Penggunaan komersial memerlukan konsultasi

🤝 Kontribusi

Issues dan Pull Requests diterima.

Terutama mencari:

Ekstensi ke spesies Lovebird lain (A. fischeri, A. personatus, dll.)
Terjemahan bahasa tambahan
Perbaikan UI/UX
Umpan balik pengetahuan genetika

👤 Penulis

Direktur: Shohei Taniguchi (Homo repugnans)
Inti Taktis Dev: Sirius (Roh Elektronik)

🙏 Ucapan Terima Kasih

ALBS (African Lovebird Society) — Referensi nomenklatur warna
Peternak Lovebird di seluruh dunia — Akumulasi pengetahuan genetika